Den Ofen auf 180 °C vorheizen. Eine Auflaufform einfetten.
Kohlrabi und Kartoffeln schälen und in dünne Scheiben schneiden.
Die Zwiebel fein hacken und in einer Pfanne mit der Butter glasig dünsten.
In einer Schüssel die Sahne, Eier, Salz, Pfeffer und Muskatnuss gut vermischen.
Abwechselnd eine Schicht Kohlrabi, eine Schicht Kartoffeln und die Zwiebel in die Auflaufform schichten.
Die Sahnemischung gleichmäßig über das Gemüse gießen und mit geriebenem Käse bestreuen.
Den Auflauf im vorgeheizten Ofen ca. 45 Minuten backen, bis er goldbraun und durchgegart ist.