Den Ofen auf 180 °C (Ober-/Unterhitze) vorheizen. Eine Auflaufform leicht einfetten.
Die Zwiebel schälen und in feine Würfel schneiden. In einer Pfanne die Butter erhitzen und die Zwiebelwürfel darin glasig braten.
In einer großen Schüssel die Eier, Sahne, Milch, Salz, Pfeffer und Muskatnuss gut vermischen.
Die Spätzle und die gebratenen Zwiebeln zur Eiermischung geben und alles gut vermengen.
Die Hälfte des geriebenen Käses unter die Spätzle-Mischung heben.
Die Mischung in die vorbereitete Auflaufform geben und gleichmäßig verteilen.
Den restlichen Käse gleichmäßig über den Auflauf streuen.
Den Auflauf im vorgeheizten Ofen etwa 30-35 Minuten backen, bis er goldbraun und durchgegart ist.
Vor dem Servieren mit frischer Petersilie bestreuen.